تمنح الجامعة درجة الماجستير في العلوم الشرعية في التخصصات الآتية التفسير وعلوم القرآن العقيدة الحديث الفقه واصوله الدعوة والفكر الإسلامي ويحصل الطالب على درجة الماجستير بعد دراسة سنتين السنة الأولى وتسمى السنة التمهيدية للماجستير يدرس فيها الطالب برنامج شامل للعلوم الاسلامية والعربية ويمنح درجة الدبلوم العالي لإتمام الماجستير السنة الثانية يتخصص في أحد التخصصات الشرعية أما بالبحث أو بالدراسة .. ويمنح درجة الماجستير في تخصصه .